本所碩士班招生以前分為在職醫師組與一般生組，自111學年度起改為不分組。博士班招生106學年度未分組，107、108學年度分一般生組和在職生組，後自109學年度起改為不分組。

醫師組學生為不同專科領域的臨床醫師，非醫師組學生為在職或非在職的醫學相關領域人員。

本所碩士班學生碩士論文的內容必須寫成正式期刊論文，且被

• SCI期刊或
• Index Medicus的期刊(實質修業滿二年半且曾投稿至SCI期刊未被接受)或被
• 教學醫院評鑑認定之學術性期刊

接受刊登之原著論文（original article），始得進行學位考試。